门诊部保留原上海市结核病防治中心诊疗特色，设有肺内科（肺部疾病的诊断和鉴别诊断、疑难病例的讨论）、肺结核科、淋巴结核科、小儿结核科、卡介苗反应的处理、哮喘病、慢性支气管炎和肺气肿防治科。

　　此外负责有关各院转来治疗的肾结核、盆腔结核、肠结核等肺外结核的治疗和用药咨询，中西医结合治疗支气管扩张，慢性支气管炎和肺气肿。

　　整合以后又增设了职业病科负责尘肺的治疗、鉴定和有关接触有害物质单位职工的体格检查。